WordPressでjQueryを使おうとしたとき、どのように組み込むか考えると、例えば、header.phpファイルに直接書く、functions.phpファイルに書くなどの方法が考えられます。
管理しやすさなどを考えるとfunctions.phpファイルに書くのがベターだと思います。
jQueryを使えるようにするには、wp_enqueue_scriptを使用します。
下にあるコードを使うことでjQueryがサイトで使えるようになります。
wp_enqueue_script( 'jquery') ;
最初のハンドル名以外は省略可能です。
wp_enqueue_scriptには、他にも引数を設定でき書く内容は、下のような意味になります。
wp_enqueue_script( 'ハンドル名', ソース, 依存するハンドル名, バージョン, 出力先 )
あるjQueryのライブラリを使う場合、そのライブラリを登録して第3引数に依存するハンドル名をjqueryと書いた場合、先に依存するjQueryをロードしてくれます。ということで、wp_enqueue_script( ‘jquery’ )を書かなくてもソースコードには出力しくれます。
ハンドルのリスト：wp_enqueue_script関数リファレンス（en）
JavaScriptファイルを設定する場合も同じように、被らないようなハンドル名をつけ、ソールファイルへのパスを書きます。またjQueryを使うなら依存するハンドル名にjqueryを指定します。
wp_enqueue_script( 'hoge', ソースファイルへのパス, array( 'jquery' ) );
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